FAIR-SEQ™ VJ多重扩增建库试剂盒

FAIR-SEQ™ (Fast & Accurate Immune Repertoire Sequencing) 本系列试剂盒采用基于合成模板进行优化的实验体系,经过多轮引物体系的优化调整,使得调整后实验体系的绝大部分引物的扩增偏差在一倍以内,能准确反映样本的真实克隆分布。具体内容见下文详细介绍。

FAIR-SEQ™ VJ 多重扩增建库试剂盒

FAIR-SEQ™ (Fast & Accurate Immune Repertoire Sequencing)

本系列试剂盒采用基于合成模板进行优化的实验体系,经过多轮引物体系的优化调整,使得调整后实验体系的绝大部分引物的扩增偏差在一倍以内,能准确反映样本的真实克隆分布。

NEOIMMUNE 产品目录

For Research Use Only

货号

产品名称

规格

样本类型

适用范围

测序推荐

测序平台

技术方法

R0011M

FAIR-SEQ™ Human IGH VJ  multiplex Kit (FR1)

16 Rxns

DNA/RNA

B细胞表面重链受体(IGH,FR1区域)文库构建

PE150

MGI

多重PCR

R0012M

FAIR-SEQ™ Human IGH VJ  multiplex Kit (FR1)

96 Rxns

R0013M

FAIR-SEQ™ Human IGH VJ  multiplex Kit (FR3)

16 Rxns

B细胞表面重链受体(IGH,FR3区域)文库构建

R0014M

FAIR-SEQ™ Human IGH VJ  multiplex Kit (FR3)

96 Rxns

R0021M

FAIR-SEQ™ Human TRB VJ multiplex Kit

16 Rxns

T细胞表面β链受体(TRB)文库构建

R0022M

FAIR-SEQ™ Human TRB VJ multiplex Kit

96 Rxns

R0031M

FAIR-SEQ™ Human IGK/L VJ multiplex Kit

16 Rxns

B细胞表面轻链受体(IGK/L)文库构建

R0032M

FAIR-SEQ™ Human IGK/L VJ multiplex Kit

96 Rxns

R0041M

FAIR-SEQ™ Human TRD VJ multiplex Kit

16 Rxns

T细胞表面δ链受体(TRD)文库构建

R0042M

FAIR-SEQ™ Human TRD VJ multiplex Kit

96 Rxns

R0051M

FAIR-SEQ™ Human TRG VJ multiplex Kit

16 Rxns

T细胞表面γ链受体(TRG)文库构建

R0052M

FAIR-SEQ™ Human TRG VJ multiplex Kit

96 Rxns

R0061M

FAIR-SEQ™ Human IGH VC multiplex Kit

16 Rxns

B细胞表面重链受体(IGHVC区域文库构建

PE250

R0062M

FAIR-SEQ™ Human IGH VC multiplex Kit

96 Rxns

R0071M

FAIR-SEQ™ Human  BCR full-length Amplication Kit

16 Rxns

RNA

B细胞表面受体全长文库构建

5'RACE

R0072M

FAIR-SEQ™ Human  BCR full-length Amplication Kit

96 Rxns

R0081M

FAIR-SEQ™ Human  TCR full-length Amplication Kit

16 Rxns

T细胞表面受体全长文库构建

R0082M

FAIR-SEQ™ Human  TCR full-length Amplication Kit

96 Rxns

R0091M

FAIR-SEQ™ Mouse  BCR full-length Amplication Kit

16 Rxns

B细胞表面受体全长文库构建

R0092M

FAIR-SEQ™ Mouse  BCR full-length Amplication Kit

96 Rxns

R0101M

FAIR-SEQ™ Mouse  TCR full-length Amplication Kit

16 Rxns

T细胞表面受体全长文库构建

R0102M

FAIR-SEQ™ Mouse  TCR full-length Amplication Kit

96 Rxns

R0011I

FAIR-SEQ™ Human IGH VJ  multiplex Kit (FR1)

16 Rxns

DNA/RNA

B细胞表面重链受体(IGH,FR1区域)文库构建

PE150

Illumina

多重PCR

R0012I

FAIR-SEQ™ Human IGH VJ  multiplex Kit (FR1)

96 Rxns

R0013I

FAIR-SEQ™ Human IGH VJ  multiplex Kit (FR3)

16 Rxns

B细胞表面重链受体(IGH,FR3区域)文库构建

R0014I

FAIR-SEQ™ Human IGH VJ  multiplex Kit (FR3)

96 Rxns

R0021I

FAIR-SEQ™ Human TRB VJ multiplex Kit

16 Rxns

T细胞表面β链受体(TRB)文库构建

R0022I

FAIR-SEQ™ Human TRB VJ multiplex Kit

96 Rxns

R0031I

FAIR-SEQ™ Human IGK/L VJ multiplex Kit

16 Rxns

B细胞表面轻链受体(IGK/L)文库构建

R0032I

FAIR-SEQ™ Human IGK/L VJ multiplex Kit

96 Rxns

R0041I

FAIR-SEQ™ Human TRD VJ multiplex Kit

16 Rxns

T细胞表面δ链受体(TRD)文库构建

R0042I

FAIR-SEQ™ Human TRD VJ multiplex Kit

96 Rxns

R0051I

FAIR-SEQ™ Human TRG VJ multiplex Kit

16 Rxns

T细胞表面γ链受体(TRG)文库构建

R0052I

FAIR-SEQ™ Human TRG VJ multiplex Kit

96 Rxns

R0061I

FAIR-SEQ™ Human IGH VC multiplex Kit

16 Rxns

B细胞表面重链受体(IGHVC区域文库构建

PE250

R0062I

FAIR-SEQ™ Human IGH VC multiplex Kit

96 Rxns

R0071I

FAIR-SEQ™ Human  BCR full-length Amplication Kit

16 Rxns

RNA

B细胞表面受体全长文库构建

5'RACE

R0072I

FAIR-SEQ™ Human  BCR full-length Amplication Kit

96 Rxns

R0081I

FAIR-SEQ™ Human  TCR full-length Amplication Kit

16 Rxns

T细胞表面受体全长文库构建

R0082I

FAIR-SEQ™ Human  TCR full-length Amplication Kit

96 Rxns

R0091I

FAIR-SEQ™ Mouse  BCR full-length Amplication Kit

16 Rxns

B细胞表面受体全长文库构建

R0092I

FAIR-SEQ™ Mouse  BCR full-length Amplication Kit

96 Rxns

R0101I

FAIR-SEQ™ Mouse  TCR full-length Amplication Kit

16 Rxns

T细胞表面受体全长文库构建

R0102I

FAIR-SEQ™ Mouse  TCR full-length Amplication Kit

96 Rxns


FAIR-SEQ™ Human TRB VJ 多重扩增建库试剂盒

基于FAIR-SEQ™技术的人TRB VJ多重试剂盒,有着低偏好的扩增体系,文库构建时长低至5h,无需切胶回收,操作简便,目前统计健康人全血DNA样本建库成功率达95%,数据有效率可达90%。

产品规格

货号

产品名称

规格

R002-1

FAIR-SEQ™ Human TRB VJ multiplex Kit(beads excluded)

16 Rxns

R002-2

FAIR-SEQ™ Human TRB VJ multiplex Kit(beads included)

16 Rxns

R002-3

FAIR-SEQ™ Human TRB VJ multiplex Kit(beads excluded)

96 Rxns

R002-4

FAIR-SEQ™ Human TRB VJ multiplex Kit(beads included)

96 Rxns

产品介绍

免疫组库(Immune Repertoire)测序技术以T/B淋巴细胞表面受体为研究目标,深入评价机体的免疫状态,探索人体免疫状态与疾病之间的关系。目前研究免疫组库的主要方法为5`RACE和多重PCR,与5 `RACE仅适用于RNA样本相比,多重PCR不仅适用于RNA也适用于DNA,样本来源更为广泛,且DNA样本相对来说更容易获得也更方便保存和运输。

T淋巴细胞表面受体(T Cell Receptor,TCR)是T细胞特异性识别和结合抗原肽-MHC分子的分子结构的异源二聚体,由两个不同的亚基所构成。95%~99%的T细胞受体由α亚基和β亚基构成,1%~5%由γ和δ亚基构成,该比例会随着个体的发育及身体的健康状态而产生变化。本试剂盒以T淋巴细胞表面受体β肽链为研究目标,使用合成模板优化后的无偏引物扩增体系,更为真实的反应样本中各克隆分布情况,使用本产品构建的TRB文库可在Illumina平台上机(推荐Novaseq6000),测序类型为PE150.

流程图示

图片关键词

产品优势

低偏扩增体系

使用合成模板序列对引物体系进行多轮优化,优化后的体系扩增bias大部分在一倍以内。

图片关键词

操作简便,无需胶回收,可在5小时内完成建库

图片关键词

重复性好,体系稳定

合成模板序列两次实验重复(图5左)CDR3氨基酸序列的Pearson相关系数0.9618,样本两次实验重复(图5右)CDR3氨基酸序列的Pearson相关系数0.9954。图片关键词

富集效率高,有效数据率高

过滤低质量和接头污染后数据后,V 基因比对率,J 基因比对率,同时找到 V、J 的序列都达到95%以上。

图片关键词

特异性好,VJ配对覆盖全

对于等比或不等比混合的合成模板(包含所有Functional V、J基因),VJ配对组合覆盖度都可以达100%;但由于真实样本自身的不可控因素,目前统计健康人全血DNA样本VJ配对组合检出率 在95%以上。

DEMO数据展示

健康人样本数据使用IMonitor进行标准数据分析后部分图表结果展示,下图(从上至下,从左至右)分别是:CDR3长度分布,CDR3频率分布,Top10 CDR3频率分布,CDR3丰度分布和V-J pairing三维分布,完整结果还包括:Reads插入片段分布,饱和曲线, CDR3 V(D)J基因长度分布,V(D)J基因deletion长度分布,V(D)J基因insrtion长度分布,V(D)J基因高频突变率(碱基)分布,J基因usage分布,V基因usage分布。


图片关键词

参考文献

[1].  Wu J, Wang X, Lin L, Li X, Liu S, Zhang W, et al. Developing an Unbiased Multiplex PCR System to Enrich the TRB Repertoire Toward Accurate Detection in Leukemia. Frontiers in Immunology. (2020) 11:1631. doi:10.3389/fimmu.2020.01631

[2].  Cao, K., et al., T-cell receptor repertoire data provides new evidence for hygiene hypothesis of allergic diseases. Allergy, 2020. 75(3): p. 681-683.

[3].  Wang T, Wang C, Wu J, He C, Zhang W, Liu J, Zhang R, et al. The different T-cell receptor repertoires in breast cancer tumors, draining lymph nodes, and adjacent tissues. Cancer immunology research. (2017)5(2):148-56.doi: 10.1158/2326-

[4].  Zhang W, Du Y, Su Z, Wang C, Zeng X, Zhang R, et al. IMonitor: a robust pipeline for TCR and BCR repertoire analysis. Genetics. (2015) 201:459–72. doi: 10.1534/genetics.115.176735

[5]. Liu, X., et al., T cell receptor beta repertoires as novel diagnostic markers for systemic lupus erythematosus and rheumatoid arthritis. Ann Rheum Dis, 2019. 78(8): p. 1070-1078.



FAIR-SEQ™ Human IGH VJ 多重扩增建库试剂盒

FAIR-SEQ™ (Fast & Accurate Immune Repertoire Sequencing)
本系列试剂盒采用基于合成模板进行优化的实验体系,经过多轮引物体系的优化调整,使得调整后实验体系的绝大部分引物的扩增偏差在一倍以内,能准确反映样本的真实克隆分布。

FAIR-SEQ™ Human IGH VJ 多重扩增建库试剂盒
基于FAIR-SEQ™技术的人IGH VJ多重试剂盒,有着无偏好的扩增体系,文库构建时长低至5h,无需切胶回收,操作简便,目前统计健康人全血DNA样本建库成功率达95%,数据有效率大部分达95%。


产品规格

货号

产品名称

规格

R001-1

FAIR-SEQ™ Human IGH VJ multiplex Kit(beads excluded)

16 Rxns

R001-2

FAIR-SEQ™ Human IGH VJ multiplex Kit(beads included)

16 Rxns

R001-3

FAIR-SEQ™ Human IGH VJ multiplex Kit(beads excluded)

96 Rxns

R001-4

FAIR-SEQ™ Human IGH VJ multiplex Kit(beads included)

96 Rxns

产品介绍

免疫组库(Immune Repertoire)测序技术以T/B淋巴细胞表面受体为研究目标,深入评价机体的免疫状态,探索人体免疫状态与疾病之间的关系。目前研究免疫组库的主要方法为5 ‘RACE和多重PCR,与5 ‘RACE仅适用于RNA样本相比,多重PCR不仅适用于RNA也适用于DNA,样本来源更为广泛,且DNA样本相对来说更容易获得也更方便保存和运输。

B淋巴细胞表面受体(B cell receptor,BCR)为复合二聚体结构,由IGH/KL两条重轻链配对而成,重链IGH由V、D、J、C组成,轻链IGK/L由V、J、C组成。BCR是表达于B细胞表面的免疫球蛋白(Immunoglobulin),B细胞通过BCR识别抗原,接受抗原刺激信号,启动体液免疫反应。本试剂盒以多样性更高的BCR重链IGH为研究目标,使用合成模板优化后的无偏引物扩增体系,更为真实的反应样本中各克隆分布情况。

使用本产品构建的IGH文库可在Illumina平台上机(推荐Novaseq6000),测序类型为PE150/PE250。可根据不同的研究目的选择不同的测序类型,如只侧重研究CDR3区域推荐选择PE150测序,如需研究IGH全长序列,想要得到SHM(Somatic Hyper Mutation)和CDR3区域信息的推荐选择PE250测序。

图片关键词



流程图示


图片关键词


产品优势

无偏扩增体系

使用合成模板序列对引物体系进行多轮优化,优化后体系的扩增bias大部分在一倍以内。

图片关键词

操作简便,无需胶回收,可在5小时内完成建库

图片关键词


适用起始量范围广,低至300ng whole blood gDNA即可建库


图片关键词

图5 梯度投入whole blood gDNA文库电泳图(单位:ng)

重复性好,体系稳定

图片关键词

图6 重复实验相关性-CDR3_AA

合成模板序列两次实验重复(图7左)CDR3氨基酸序列的Pearson相关系数为0.9935,样本两次实验重复(图7右)CDR3氨基酸序列的Pearson相关系数为0.8445;

图片关键词

图7 实验重复相关性-VJ_pairing

合成模板序列两次实验重复(图8左)VJ pairing的Pearson相关系数为0.9935,样本两次实验重复(图8右)VJ pairing序列的Pearson相关系数为0.9870;


富集效率高,有效数据率高


图片关键词

图8 有效数据率,VJ_alignment比率

过滤低质量和接头污染后数据后,V基因比对率,J基因比对率,同时找到V 、J的序列都在95%以上。



特异性好,VJ配对覆盖全

对于等比或不等比混合的合成模板(包含所有Functional V、J基因),VJ 配对组合覆盖度都可以达100%;但由于真实样本自身的不可控因素,目前统计健康人全血DNA样本VJ配对组合检出率在95%以上。

DEMO数据展示

健康人样本数据使用IMonitor进行标准数据分析后部分图表结果展示,结果有:Reads插入片段分布,饱和曲线,CDR3长度分布,CDR3丰度分布,CDR3频率分布,Top10  CDR3频率分布,CDR3  V(D)J基因长度分布,V(D)J基因deletion长度分布,V(D)J基因insrtion长度分布,V(D)J基因高频突变率(碱基)分布,J基因usage分布,V基因usage分布,V-J  pairing三维分布。


图片关键词

图9 健康人外周血样本分析部分图表DEMO

参考文献


[1].    Wu J, Wang X, Lin L, Li X, Liu S, Zhang W, et al. Developing an Unbiased Multiplex PCR System to Enrich the TRB Repertoire Toward Accurate Detection in Leukemia. Frontiers in Immunology. (2020) 11:1631. doi:10.3389/fimmu.2020.01631

[2].    Huang C, Li X, Wu J, Zhang W, Sun S, Lin L, Wang X, Li H, Wu X, Zhang P, Xu G. The landscape and diagnostic potential of T and B cell repertoire in Immunoglobulin A Nephropathy. Journal of autoimmunity.( 2019 )97: 100-107.doi10.1016/j.jaut.2018.10.018

[3].    Zhang W, Feng Q, Wang C, Zeng X, Du Y, Lin L, Wu J, et al. Characterization of the B Cell Receptor Repertoire in the Intestinal Mucosa and of Tumor-Infiltrating Lymphocytes in Colorectal Adenoma and Carcinoma.The Journal of Immunology.(2017) 198 (9) 3719-3728; DOI: 10.4049/jimmunol.1602039

[4].    Wu J, Jia S, Wang C, Zhang W, Liu S, Zeng X, Mai H, et al. Minimal residual disease detection and evolved IGH clones analysis in acute B lymphoblastic leukemia using IGH deep sequencing. Frontiers in immunology. (2016)7:403.doi: 10.3389/fimmu.2016.00403

[5].    Zhang W, Du Y, Su Z, Wang C, Zeng X, Zhang R, et al. IMonitor: a robust pipeline for TCR and BCR repertoire analysis. Genetics. (2015) 201:459–72. doi: 10.1534/genetics.115.176735







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