高效成熟的分析软件,包括:

IMonitor:  免疫组库基本分析流程,处理原始测序下机的数据(包括FASTQ和FASTA格式),最终给出每个克隆信息和免疫组库图表展示。分析内容大致包括:数据质量处理、Paired-end reads拼接、与V/D/J germline序列进行比对、测序错误校正、克隆结构(包括V,D,J基因偏暖,CDR3区域,插入删除碱基)确定、氨基酸序列翻译、多样性指标统计和VJ基因使用统计、图表展示等。该工具可以处理人和其他多个物种、多种实验方法得到的数据,以及TCR和BCR任意一条链。该工具有很高的V,D,J鉴定准确性,并带有多种数据统计和图表展示,得到业界很高的评价。


IMPre: 通过免疫组库数据预测重排前的新的V和J germline基因和型别。该软件利用TCR和BCR重排的原理和特征,对重排后的数据(免疫组库),根据K-mer进行聚类,在每个类中进行组装,之后根据重排的特征对组装出的序列进行过滤,得到新的基因或者型别。与其他软件依赖已有V germline基因不同,该方法不需要任何已知的V和J germline序列,完全根据数据的特点进行预测,能预测出与已有基因差别很大的新基因,对一些V和J仍未发现的物种预测新基因有很大的帮助。


IMisc:疾病特异性克隆的预测流程。利用大样本量的疾病组和对照组数据,进行差异关联分析,鉴定出疾病组中含量高且频率高的克隆作为疾病特异性克隆,并利用这些克隆和数学模型对样本进行分类,给出分类的准确性。


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